海口海事法院是根据全国人大常委会《关于在沿海港口城市设立海事法院的决定》和最高人民法院《关于设立海口、厦门海事法院的决定》于1990年3月设立的专门法院，内设立案庭、海商海事审判庭、海事刑事审判庭、海事行政审判庭、执行局、研究室、办公室、政治部、法警支队、督察处10个职能部门和三亚、洋浦、博鳌、八所、三沙5个派出法庭。上诉审法院为海南省高级人民法院。现任党组书记、院长邱隽。

海口海事法院管辖区域为海南省所属港口和水域以及西沙、中沙、南沙、黄岩岛等岛屿和水域。管辖面积约200万平方公里，是我国最南端、管辖水域面积最大的海事法院。依照《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的规定》《最高人民法院关于人民法院为海南自由贸易港建设提供司法服务和保障的意见》，海事法院受理案件类型包括海事侵权纠纷案件、海商合同纠纷案件、海洋及通海可航水域开发利用与环境保护相关纠纷案件、其他海事海商纠纷案件、海事行政案件、海事特别程序案件共六大类108种。受指定管辖海南省法院有管辖权的海上交通肇事犯罪、破坏海洋生态环境资源保护犯罪两类海事刑事案件及国际多式联运合同纠纷、国际航空运输合同纠纷案件，实现海事民事、行政、刑事案件审判“三合一”，海陆空“全覆盖”。